活性炭過濾器是利用活性炭所具有的毛細孔對水中的大分子有機物、余氯、鐵氧化物等膠體物進行吸附過濾，這種吸附是不可逆的，即活性炭有少量的飽和吸附容量。

活性炭過濾器的作用主要是除去大分子有機物、鐵氧化物、余氯。有機物、余氯、鐵氧化物易使離子交換樹脂中毒，而余氯、陽離子表面活性劑等不但會使樹脂中毒，還會破壞膜結構，使反滲透膜失效。

一旦吸附飽和后，活性炭就會失去吸附性能，無法用反沖洗的方法沖去污染物。另外，活性炭吸附有機物后，為細菌提供了營養，造成細菌在活性炭過濾器內的大量繁殖，水中的微生物含量經活性炭過濾后反而升高。

在活性炭吸附飽和之前，還要定期進行反沖洗，以沖出活性炭表面的大量菌團及懸浮固體物。活性炭吸附飽和后，應更換活性炭，否則會造成反滲透膜不可彌補的損傷。

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